A Kis-Balaton vízvédelmi rendszer fontos, eddig kevésbé ismert szempontból is szerepet játszik a Balaton védelmében, mivel az év nagy részében jelentősen csökkenti a tóba kerülő mikroszennyezők mennyiségét.
Az őszi és téli vonulás időszakában nagy jelentősége van a Balatonnak, ilyenkor sokkal több vízimadár gyülekezik a tavon mint nyáron, a turistaszezonban. Ezúttal a jég terelte össze a madarakat.