A Kis-Balaton vízvédelmi rendszer fontos, eddig kevésbé ismert szempontból is szerepet játszik a Balaton védelmében, mivel az év nagy részében jelentősen csökkenti a tóba kerülő mikroszennyezők mennyiségét.
A közelmúltban két térségből is érkezett jelzés jelentősebb halpusztulásról, amit a szakemberek megvizsgáltak és megállapították, hogy a víz alacsony oxigénszintje okozta az állatok elhullását.